L’arrivée des conquistadors espagnols en 1532 marqua la fin du règne court des Incas. Lorsque Francisco Pizarro débarqua au Nord du pays, il trouva l'Empire divisé, suite à la mort de l'Inca Huayna Capac, entre deux des fils de celui-ci: Huascar et Atahualpa. Il profita de cette situation pour engager une conquête éclair. Les peuples opprimés par l’empereur Inca espéraient trouver dans les Espagnols des alliés pour retrouver leur liberté. Le cours de l'histoire changea brusquement lorsque Pizarro captura l'empereur AtahualpaAtahualpa par une ruse et le fit exécuter. Son exécution fut un choc pour la population indigène, puisque l’empereur était comme un demi-dieu pour eux. Leur résistance contre les conquistadors fut vite réprimée. En fin de compte, l’armée des conquistadors, composée de 200 cavaliers armés de pistolets, annihila les 40 000 hommes indigènes. Par la suite, les Espagnols fondèrent le vice-royaume Perú au nom de la couronne espagnole. Le nouveau règne s’étendit alors sur presque tout le continent sud-américain.

En 1786, Tupac Amaru II se souleva contre les colons espagnols, dans l’objectif d’obtenir l’égalité pour tous les groupes ethniques, mais son mouvement fut brutalement réprimé et incita les espagnols à anéantir de manière plus radicale la langue, coutumes et symboles indigènes.